VECTOR NTI7.0 User Manual

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Vector NTI7.0 使用手册

翻译者：宋厚辉（浙江大学）

一、前言（Introduction）...............................................................................................................1

二、Chapter 1...................................................................................................................................1

三、Chapter 2.................................................................................................................................10

四、Chapter 3.................................................................................................................................16

五、Chapter 4.................................................................................................................................20

一、前言（Introduction）

1. 程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷

酸、凝胶 mark。此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。

2. 创建新分子（有四种方法）

A．用

B．手工粘帖，然后保存到数据库中 C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键 D．从 DNA 或 RNA 分子的编码区翻译成蛋白质

3. 关于新分子的序列特征图谱：利用 GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA 等

格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑

GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PRO T and FAST A、ASCII 等格式输入 DNA

或氨基酸。

二、Chapter 1

Tutorial: Display Windows（显示窗口）

目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作

1、登录 Vector NTI

安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点 OK。这样 DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers 将组成 NTI 的数据库。并出现下列两个窗口。

2、观察出现的 Vector NTI 工作窗口和 Database Explorer 窗口

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上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。第二个窗口为 exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的 DNA/RNA 或蛋白分子。

3、Create a Display Window for pBR322

激活 exlporing——local vector NTI database 窗口中的 DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到 pBR322 分子并双击打开。显示如下窗口：

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4、观察 pBR322 显示窗口

上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。

5、显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小）

6、转换 pBR322’s 图形区：在工具栏左边的 active pane 右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphics pane）

7、 pBR322’s 结构图进行操作：用户可以尝试点击

、、，

此时图形的大小会发生变化。选区设定：菜单 Edit——>set selection, 输入 100bp–1000bp,然后 OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起

来.将鼠标移到选取的 5’端,可以看到

,通过拖拉可以延长或缩短选区

范围,同样在 3’端也能做到。如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在 5’端移动一个碱基，首先将鼠标放到

处，

然后按住 shift 和键盘右侧的——>或<——箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。如果一次想移动 10 个碱基，则同时按住 shift+ctrl+箭头。

如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将

鼠标移到图的 TCr 处，此时鼠标箭头变成

，并显示 TCr 代表的含义，

如果用户此时按下鼠标，则 TCr 的编码区将被选中。

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8、检查 pBR322’s nucleotide 序列

移动标尺，尽可能将更多的 PBR322 序列显示出来，并点击序列中任何一处。

现在对序列显示的样式进行设定：点击

（Display Setup）按钮，显示

molecular display setup 对话框：

用户可以对序列的颜色、大小、10 个一组显示还是 15 个一组（默认是 10 个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的 PBR322 上限制酶并不多）、ORF、Motif 等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部 PBR322 的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点 restriction map 下面的 RMap setup 按钮，在出现的对话框中点 Add,再在出现的对话框中点 select all，然后 OK。点 sequence 下面的 sequence setup, 可以看到序列长度的设置等，在 color 栏中选 green,一路点 OK。此时显示如下：

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我们发现限制酶是大大的多了，不过美中不足的是序列显示的是两条链（正链和

互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。这好办：

先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中的

了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看

（Translate Direct）图标

左右两侧的图标哟，点点

看。（注意用户在发表文章的时候，一般在文章中发表自己克隆或表达的 DNA 序列，在 DNA 序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。什么？内切

酶怎么去掉，刚才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的图不就是办到

了）：

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9、对 pBR322’s text 文本描述进行操作

拖动标尺，使文本区尽可能拉大。选中 Restriction Map 文件夹，然后找到

工具条中的

Expand Branch按钮，点它。其实这和双击 restriction map

文件夹是一样的，都是打开的意思，还有它左边的按钮。在找到 Feature Map

文件夹，然后按按钮。看到 TC(R)了没，记住它。这是一个四环素抗性

基因，在第 7 章中将详细叙述如何将这段基因克隆到载体 PUC19 中。

10、将 pBR322’s 文本区和图区、序列区连接起来（可以让你一个一个的细细品位 PBR322 的每个细小结构，全部看可能会眼花，那就一个一个的看吧）

激活文本区，然后找到

（Link Panes）按钮，点它。完了，PBR322的图

区上的任何标记都没了，成了一个圆圈。还有，序列区的酶切标记也没了。哈哈，

不用急，先点文本区的 Restriction Map 文件夹，然后点

按钮打开文件

夹里面的分支。现在看看，酶切标记又重新显示出来了。激活图形区，找到（Standard Arrangement）按钮了没，点它。会发现酶切图谱显示的方式

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和刚才不一样了，这是标准方式。在文本区中选中 feature map 文件夹，点

打开，发现图形又变了。依次关掉 feature map 中的其他文件夹，只留

TCR，此时图中只有 TCR 一个标记了。最后别忘了再点一下链条

图又回到原样。如下图：

，发现

（看看上面的时钟都 23：12 了，该睡觉了），明天继续。

11、打印 pBR322’s 文本 description, 图形 map, 和序列 sequence

打印文本：先激活文本区，（就是 active pane 右边的第一个按钮，或者直接

用鼠标在本文区点一下），然后按 expand branch 按钮打开文本区内的所有文

件夹，然后点

打印。同样要想打印图形或序列，先激活其所在的选区，然

后按打印机图标即可。

12、为 41BB_HUMAN 创建显示窗口

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点击窗口下面的 exploring——local vector NTI database 图标，打开打开 Explorer 窗口，点击窗口左上角的下拉式菜单，选 Protein Molecules (MAIN) 数据库。找到 41BB_HUMAN’s 并双击。打开窗口如下：

窗口显示结构和 DNA 序列的显示窗口一致，也包括文本区，图形区和序列区三部

分。菜单和工具条也基本一样。在文本区中双击 Analysis 文件夹，则蛋白自动分析结果以表格的形式在下面显示出来。下面我们把这两个表格拷贝到 word 文档中，先用 shift+鼠标将两个表格选中，然后点工具条中的照相机（camera）命令，在出现的对话框中可以看到序列的 range 中的 selection 已被选中，点 Copy.，然后打开一个 word 文档，粘帖（ctrl-V）,则表格被完整的拷贝到 word 文档中了。如下所示：

Length 255 aa Molecular Weight 27897.66 m.w. 1 microgram = 35.845 pMoles Molar Extinction coefficient 11250

1 A[280] corr. to 2.48 mg/ml A[280] of 1 mg/ml 0.40 AU Isoelectric Point 8.13 Charge at pH 7 3.72

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一、前言（Introduction）

二、Chapter 1

1、登录 Vector NTI

2、观察出现的 Vector NTI 工作窗口 和 Database Explorer 窗口

4、观察 pBR322 显示窗口

5、显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小）

8、检查 pBR322’s nucleotide 序列

9、对 pBR322’s text 文本描述进行操作

（看看上面的时钟都 23：12 了，该睡觉了），明天继续。

11、打 印 pBR322’s 文本 description, 图形 map, 和序列 sequence

12、为 41BB_HUMAN 创建显示窗口

2、观察出现的 Vector NTI 工作窗口和 Database Explorer 窗口

11、打印 pBR322’s 文本 description, 图形 map, 和序列 sequence