VECTOR NTI User Guide

Vector NTI User Manual

Vector NTI User's Manual

前言（INTRODUCTION） ....................................................................3

第一章 DISPLAY WINDOWS..............................................................4

一. 顯示 DNA 序列及圖形...........................................................5

二. 顯示蛋白質序列的方式.......................................................10

第二章 MOLECULE OPERATIONS................................................13

一. 對 PBR322’S 的常用資料（GENERAL DATA）進行編輯....13

三. 插入新的序列片段..................................................................15

四. 編輯 TC(R) 圖示 .................................................................16

五. 刪除 P2_P 標示，並加入新的序列特徵標示....................17

六. 修改 MY PBR322 的起始座標.............................................18

第三章 GRAPHICAL REPRESENTATION ....................................19

一. 爲 PBR322 圖形建立一個展示視窗....................................19

二. 修改圖形的自動排列設置...................................................19

三. 修改圖形的編碼區信號（ CDS SIGNALS）設置 ...............19

四. 打開圖片編輯方式 ...............................................................20

五. 修改 TC(R)圖形....................................................................20

六. 加入註解注釋 .......................................................................22

七. 將 PBR322 分子顯示結果保存到文檔文件中...................22

第四章 BLAST SEARCH AND BLAST VIEWER ..........................24

一. 簡介 .......................................................................................24

二. BLAST 搜尋視窗..................................................................24

三. BLAST SEARCH RESULTS .......................................................28

四. SAV I N G BLAST SEARCH RESULTS ..........................................29

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第五章 ALIGNX ..................................................................................31

一. 開啟與執行： .......................................................................31

二. 參數設定與調整： ...............................................................35

三. 資料輸出與列印 ...................................................................39

第六章 ALIGNX-BLOCKS ................................................................40

一. 開啟與執行： .......................................................................40

二. 參數設定與調整： ...............................................................42

三. 資料輸出與列印......................................................................44

第七章 BIOPLOT ................................................................................45

一. 開啟與執行： .......................................................................45

二. 資料輸出與列印 ...................................................................49

第八章 CONTIGEXPRESS ................................................................50

一. INTRODUCTION ........................................................................50

二. PROJECT EXPLORER .................................................................50

三. WORKING IN FRAGMENT WINDOW ..........................................54

四. WORKING IN THE CONTIG WINDOW.........................................60

第九章 MISCELLANEOUS VECTOR NTI TOOLS ......................63

一. INTRODUCTION ........................................................................63

二. PUBMED/ENTREZ SEARCH.......................................................63

三. CITATION VIEWER ....................................................................66

附記：如何執行反安裝……………………………………………….69

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前言（Introduction）

程式附帶的資料庫（Vector NTI database）包括：DNA/RNA 序列、蛋白質序列、限制酶、寡核苷酸、電泳 marker。此外程式還提供資料庫開發（Database Explorer）功能，使用者可以自己修改、添加、拷貝感興趣的各類資料庫。

建立新序列資料（有四種方法）

用 GenBank/GenPept， EMBL/SWISS-PROT 或 FAS TA、ASCII 等格式輸入 DNA 或氨基酸序列。

以 Copy/Paste 方式貼入，然後存到資料庫中。

從其他序列檔、linker、載體中剪切、拼接而成新序列

從 DNA 或 RNA 序列轉譯成蛋白質序列

關於新序列的內部特徵圖譜(例如 CDS、motif 等資訊)，若是利用 GenBank/GenPept， EMBL/SWISS-PROT or FASTA 等格式輸入的序列，因為內含註解，所以都能直接顯示，但自己手工粘帖的沒有，需要自己編輯

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第一章 Display Windows

目的：建立顯示視窗，並對載體圖、序列及註解進行操作

1.登錄 Vector NTI

安裝後首次登錄，系統將提示是否允許將新資料填入 Vector NTI 資料庫中，點 OK。這樣 DNA molecules， proteins， enzymes， oligos，

and gel markers 將組成 NTI 的資料庫。並出現下列兩個窗口。

2. 觀察出現的 Vector NTI 工作視窗和 Database Explorer 視窗

這個視窗爲工作視窗，由功能表欄和工具列兩欄，移動滑鼠到工具欄任意選項處，滑鼠將會自動顯示每個工具列的功能。

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這個視窗爲 Database Explorer 視窗——local vector NTI database，

顯示的是上次打開的 DNA/RNA 或蛋白分子。

一. 顯示 DNA 序列及圖形

1. Create a Display Window for pBR322

打開 Database Explorer 視窗——local vector NTI database 視窗中的 DNA/RNA Molecules (MAIN) 資料庫，找到 pBR322 分子並雙擊打開。顯示如下視窗：

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2. . 觀察 pBR322 顯示視窗

上面的視窗由註解區（對該分子資訊的文字描述，雙擊文件夾可以看到）、圖形區（標住限制酶位置等）和序列區（序列本文及限制限制酶切位位）三個部分組成。

3. 顯示視窗的管理（透過拖拉尺規，改變視窗、或每個顯示區的相對大小）

4. 轉換 pBR322’s 圖形區：在工具欄左邊的 active pane 右側有三個按鈕，用滑鼠點當中那個（graphics pane）

5. 對 pBR322’s 結構圖進行操作：使用者可以嘗試點選、

、，此時圖形的大小會發生變化。選取設定功能表 Editset selection，輸入 100bp–1000bp，然後按 OK.可以看到所輸入的選取區間在圖形中以扇型框圈了起來.將滑鼠移到選

取的 5’端，可以看到

，通過拖拉可以延長或縮短選區範圍，同樣在 3’端也能做到。如果使用者一次只想移動一個鹼基用直接拖拉就可能不方便，假如使用者想在 5’端移動一個

鹼基，首先將滑鼠放到

處，然後按住 shift 和鍵盤右側的 或箭頭，則可以按一次箭頭移動一個鹼基距離。如果一次想移動 10 個鹼基，則同時按住 shift+ctrl+箭頭。如果使用者只是粗略選擇，可以直接將滑鼠移到圖中，用十字花拖動。

將滑鼠移到圖的 TCr 處，此時滑鼠箭頭變成

，並顯示 TCr

代表的含義，如果使用者此時按下滑鼠，則 TCr 的 coding

region 將被選取。

6. 檢查 pBR322’s nucleotide 序列

移動尺規，盡可能將更多的 PBR322 序列顯示出來，並點選序列

中任何一處。現在對序列顯示的樣式進行設定：點選

（Display

Setup ）按鈕，顯示 molecular display setup 對話方塊：

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使用者可以對序列的顔色、大小、10 個一組顯示還是 15 個一組（原始設定是 10 個鹼基一組），結構圖的顔色、限制酶圖譜（注意剛開始顯示的 PBR322 上限制酶並不多）、ORF、Motif 等進行設置。現在我們打算把序列字體的顔色由黑色變成綠色，顯示全部 PBR322 的限制限制酶切位位。操作如下：在剛才的視窗中點 restriction map 下面的 RMap setup 按鈕，在出現的對話方塊中點 Add，再在出現的對話方塊中點 select all，然後 OK。點 sequence 下面的 sequence setup，可以看到序列長度的設置等，在 color 欄中選 green，一路點 OK。此時顯示如下：

可以發現所顯示的限制限制酶切位位變多了，不過美中不足的是

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序列顯示的是兩條股（正股和互補股），實際上一條股就夠了，還有最好再和編碼的氨基酸一起顯示。修改的方式如下：先選取全序列

（Ctrl-A），點選工具列中的

序列轉譯成蛋白質序列。此外也可以試著點選

（Translate Direct）圖示即可將 DNA

左右兩側的圖示。

若是覺得限制酶的切位會干擾顯示的情形，也可以將它去掉，如下圖

7. 對 pBR322’s text 註解描述進行操作

拖動尺規，使註解區盡可能拉大。選取 Restriction Map 文件夾，

然後找到工具列中的

Expand Branch 按鈕，點它。其實這和雙擊

restriction map 文件夾是一樣的，都是打開的意思，還有它左邊的按

鈕。在找到 Feature Map 文件夾，然後按

按鈕。可以看到 TC(R),

這是一個四環素抗性基因。

8. 將 pBR322’s 註解區和圖區、序列區連接起來

啟動註解區，然後找到

（Link Panes）按鈕，點選它可以將

PBR322 的圖區上的所有標記都去除，成了一個圓圈。還有，序列區

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的限制酶切位標記也沒了。要重新顯示則請先點註解區的 Restriction

Map 文件夾，然後點

制酶切位又重新顯示出來了。啟動圖形區，找到

按鈕打開文件夾裏面的分支。現在看看，限

（Standard Arrangement）按鈕了沒，點它。會發現限制酶切位圖譜顯示的方式和剛才不一樣了，這是標準方式。在註解區中選取 feature map 文件

夾，點

打開，可以發現圖形又變了。再依次關掉 feature map 中

的其他文件夾，只留 TCR，此時圖中只有 TCR 一個標記了。若是希

望圖形回到原樣,可以點選鏈條

，如下圖：

9. 列印 pBR322’s 註解 description ，圖形 map ，和序列

sequence

列印註解：先啟動註解區，（就是 active pane 右邊的第一個按鈕，

或者直接用滑鼠在註解區點一下），然後按 expand branch 按鈕打開註

解區內的所有文件夾，然後點

列印。同樣的方式,若要想列印圖

形或序列，先點選其所在的選取區，然後按印表機圖示即可。

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二. 顯示蛋白質序列的方式

1. 開啟 41BB_HUMAN

點選視窗下面的 Database exploring——local vector NTI database 圖示，打開 Explorer 視窗，點選視窗左上角的下拉式功能表，選 Protein Molecules (MAIN)資料庫。找到 41BB_HUMAN’s 並雙擊。打開窗口如下：

視窗顯示結構和 DNA 序列的顯示視窗一致，也包括註解區，圖形區和序列區三部分。功能表和工具列也基本一樣。在註解區中雙擊 Analysis 文件夾，則蛋白自動分析結果以表格的形式在下面顯示出來。

下面我們把這兩個表格拷貝到 word 文檔中，先用 shift+滑鼠將兩個表格選取，然後點工具列中的照相機（camera），在出現的對話方塊中可以看到序列的 range 中的 selection 已被選取，點 Copy.，然後打開一個 word 文檔，按貼上（ctrl-V），則表格被完整的拷貝到 word 文檔中了。如下所示：

Length 255 aa

Molecular Weight 27897.66 m.w.

1 microgram = 35.845 pMoles

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Molar Extinction coefficient 11250

1 A[280] corr. to 2.48 mg/ml

A[280] of 1 mg/ml 0.40 AU

Isoelectric Point 8.13

Charge at pH 7 3.72

Amino Acid(s) Number count % by weight % by frequency

Charged

83 36.68 32.55

(RKHYCDE)

Acidic (DE) 25 10.85 9.80

Basic (KR) 29 14.43 11.37

Polar (NCQSTY) 90 34.08 35.29

Hydrophobic

67 27.06 26.27

(AILFWV)

A Ala 11 3.02 4.31

C Cys 25 9.33 9.80

D Asp 11 4.51 4.31

E Glu 14 6.34 5.49

F Phe 16 8.14 6.27

G Gly 21 4.85 8.24

H His 2 0.96 0.78

I Ile 7 2.83 2.75

K Lys 13 5.85 5.10

L Leu 21 8.48 8.24

M Met 3 1.38 1.18

N Asn 12 4.88 4.71

P Pro 18 6.38 7.06

Q Gln 12 5.40 4.71

R Arg 16 8.58 6.27

S Ser 22 7.12 8.63

T Thr 17 6.24 6.67

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V Val 11 3.97 4.31

W Trp 1 0.63 0.39

Y Tyr 2 1.12 0.78

B Asx 23 9.39 9.02

Z Glx 26 11.74 10.20

X Xxx 0 0.00 0.00

2. 爲 1B14_HUMAN 建立顯示視窗

重新回到 Database exploring——local vector NTI database 窗口，找到 1B14_HUMAN 分子並雙擊打開。如下圖：

可以看到該蛋白分子圖形上的各種特徵顯示的十分緊湊，爲了顯示方便起見，可以按剛才介紹的 link 命令來逐一顯示各個 feature。操作方法和 DNA 分子一致。

關閉視窗，結束，當最後一個視窗關閉是螢幕提示 this will end

your vector NTI session，點確定（OK）關閉。

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第二章 Molecule Operations

目的：對 pBR322 的 general data， feature map， and sequence 進行編輯（注意!! 蛋白質和 DNA 分子的操作是一樣的）

登錄 Vector NTI 程式

打開 pBR322 的顯示視窗（程式 vector NTIExploring local vector NTI DatabaseDNA/RNA Molecules (MAIN)PBR322 ，雙擊。）

一. 對 pBR322’s 的常用資料（general data）進行編輯

在註解區的最上面，雙擊 PBR322，彈出下面窗口：

給 PBR322 加關鍵字點 keywords，在彈出的關鍵字視窗中輸入 My own plasmid，點 Add。回到 DNA/RNA Molecular 視窗，將最下面的 description 中的內容替換成 My pBR322。點 OK（確定）。注意螢幕的左上角 pBR322*，在 PBR322 的後面有一個星號，說明現在顯示的是修改過的 PBR322。現在我們要在資料庫中保存這一結果：

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功能表 molecularsave as，在彈出的對話方塊中輸入序列的名字 My pBR322，點 OK。這時發現星號不見了，說明結果已保存到資料

庫中，這時資料庫中關於 PBR322 的 DNA 分子有兩個，一個是原始的 PBR322（就是最初打開的那個），另一個就是我們保存的那個 my PBR322。

二. 編輯 My pBR322’s 序列

啟動序列區，功能表 editset selection，在對話方塊中輸入範圍 21-40，點 OK。會發現序列選區內含有 ClaI 和 HindIII 兩個限制酶切位。點選功能表 editnewReplace Sequence 21 bp–40 bp，將視窗中第 23 和 24 位的 TC 刪除分別用 AA 代替，視窗將顯示如下：

注意該視窗左下角顯示有：inserted 2，delete 2。點 OK，注意序列中的 ClaI 位點立刻消失了。如下圖所示：

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將 My pBR322 的修改結果取消，不保存到資料庫

注意剛才修改完後，在螢幕左上角 My pBR322 的後面，有一個星號，說明當前顯示的分子已經修改，下面將修改結果取消，點選功能表 molecular——Revert To Saved，點 OK 確定。此時資料庫將剛才的修改結果取消了。（如果需要保存修改結果則在 molecular 功能表中選 save as 命令）

三. 插入新的序列片段

通常在編輯序列的時候需要在序列圖譜中插入一段基因或者一

段特徵序列，先找到序列中的 AP(R) 標誌（ 3293 bp–4156 bp）和

TC(R) 標誌（ 86 –1276 bp），功能表 editSet Caret Position，輸入 200，將游標移到 200bp 處，下面我們要在此位置處輸入 10 個 T 鹼基。

點功能表 editnewinsert sequence 200bp，在出現的對話方塊中輸入 10 個 T，點 OK，然後會出現一個對話方塊，問你是否確認當前的序列已經修改（CDS TC(R) is affected by sequence editing，Delete， Delete All， Keep， and Keep All），點 keep.可以發現在 200bp 序列處多了 10 個 T。我們將滑鼠移到 AP（R）處，可發現其位置已經順時針移了 10 個鹼基（3303 bp–4166 bp）。其實，在原始序列中一旦插入一段序列後，系統會自動改變圖譜中各註解的相對位置，如果插入的序列位於某一特徵序列的內部，我們點 Keep，NTI 會自動向 3’端移動。現在我們將滑鼠移到 TCR 處，發現其 3’端已經後移了 10 個鹼基（1286），不過 5’端並沒有受影嚮。如下圖所示：

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四. 編輯 TC(R) 圖示

將滑鼠移到圖形的 TCr 處，當箭頭變成“手”的形狀時雙擊（或者點滑鼠右鍵，選 feature properties），在出現的對話方塊中使用者可以修改 TCr 的位置、名稱和描述。我們將名稱（name）由 TC(R)改成

Old TC(R)，然後在最下面的 description 中輸入描述：“10 bp fragment inserted”，點 OK。則圖形結構變成：

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五. 刪除 P2_P 標示，並加入新的序列特徵標示

在圖譜中找到 P2P，選取，點滑鼠右鍵，選 Delete Feature From

Fmap（或者從 edit 功能表中選擇此命令），此時 NTI 將提示 P2_P will be deleted from the feature map，點 OK（確定）。我們發現圖譜中 P2P 已經沒有了。下面我們我爲 PBR322 序列加入一個新的註解：

editset selection輸入 3000-3500bp，點 OK。在工具列中找到

（add features）按鈕，點它。（也可以從 editnewadd feature to

FMap 進入）。在出現的對話方塊 feature name 中輸入 New Feature，

注意 NTI 原始設定的特徵類型（feature type）爲 Misc. Feature，使用者可以從列表中選擇自己認可的特徵。最後點 OK 。如圖：

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下面將 My pBR322 的修改結果保存到資料庫中：功能表 molecular——save as，（如果不想改名的話）點 OK，NTI 將提示 My pBR322 已經存在，是否覆蓋，點 overwrite.

六. 修改 My pBR322 的起始座標

這樣可使剛才插入的 10bp 片段和最初的PBR322 具有一致的坐標系。功能表 MoleculeoperationsAdvanced (DNA/RNA)Change Starting Coordinate。在出現的對話方塊 new start(新的起始點位置)輸入：11（因爲剛才插入了 10bp，所以起始點是 1+10=11）。點 OK，此時 NTI 會提示當前座標已被修改，是否繼續，點 OK 確定。現在我們會發現顯示視窗中 TCR 的位置已經變成了（76bp–1276bp），還有 AP（R）的位置（3293 bp–4156 bp），這都和最初的 PBR322 一致。如下圖：

退出顯示視窗，關閉 NTI

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第三章 Graphical Representation

目的：以 DNA 分子爲例，對分子圖形的展示進行操作（蛋白質的操作和 DNA 類似），爲 pBR322 圖形建立一個展示視窗，並保存到分子註解檔中

一. 爲 pBR322 圖形建立一個展示視窗

1. 登錄 Vector NTI 程式

2. 通過新視窗打開 PBR322（與前兩章的打開方式略有不同）, 在 NTI 主窗口中，點選工具列最左邊的打開文件夾（或者 molecular——Open），在彈出的 Open 窗口中點選 database DNA/RNAs，在列表中找到 PBR322，然後 OK。

3. 顯示視窗的調整,比如我們想觀察圖像的詳細情況，首先用尺

規拖動圖形視窗，至於序列和註解區，可以很小，因爲我們

的目的是看圖。然後點

或讓圖形放大或縮小，直到滿

意爲止，如果使用者想一步步的看放大效果，可以按住 shift

的同時點

。

二. 修改圖形的自動排列設置

按住 ctrl 的同時，點（Standard Arrangement），使用者可以根據彈出的小功能表，來選擇圖形線條的粗細和字體的大小，直到滿意爲止。

三. 修改圖形的編碼區信號（ CDS signals）設置

點中圖形中任意編碼區（粗箭頭），然後按滑鼠右鍵，在彈出的下拉功能表中，選 CDS Display Setup，使用者可以在彈出的 Graphics Display Setup 對話方塊中修改所選編碼區的名稱、顔色標記、箭頭的粗細等，（實際上 NTI 默認的就很好了）。使用者也可以通過點 more 來進行更多的修改（比如字體和大小等，和 word 中字體的處理很相似），修改完後一路 OK 點下去即可。注意這種修改只是針對本窗口中的分子，對其他分子沒有影響。

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比如我們將箭頭填充成蘭色。下面我們保存這一設置：點選（display setup）右側的小三角形符號，在彈出的功能表中選 Save Settings As，然後在彈出的視窗中給剛才的設置風格取個名字，不妨叫 blue，點 OK，注意此時 NTI 會提示是否保存其他沒用過的風格，

點 NO。現在再點選

（display setup）右側的小三角形符號我們會

發現 blue 已經在下拉功能表上了。

四. 打開圖片編輯方式

NTI 提供了兩種編輯圖片的方式，分子編輯方式 (原始設定)和圖

片編輯方式。啟動圖形區然後按

（edit picture）按鈕。然後點中圖形中任意標記或者箭頭，按住滑鼠右鍵，在彈出的下拉功能表中選 properties(屬性)或者 style(風格)等，進行設置，注意此時設置的僅僅是所選的箭頭或者標記，而不是整個分子（在之前所設的是整個分

子，請注意比較，兩種方式的轉換可通過

按鈕進行）。

五. 修改 TC(R)圖形

1. 將 TC(R)箭頭變成蘭色網格

操作如下：點中

按鈕，點中 TCR 箭頭，按住滑鼠右鍵，選

propertiesfill，按右圖方式選擇：

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點 OK

2. 放大 TC(R)箭頭

點中 TCR 後，當滑鼠在箭頭附近移動時，會出現兩種十字形標記：

和，通過滑鼠拖動可以改變箭頭的胖瘦，而拖動則可以改

變箭頭的相對位置（移到圓內或圓外）。如果想讓箭頭按圓圈轉動，

可以在按住 ctrl+shift 同時，拖動

。注意這種拖動並不能修改分子

本身，僅僅是改變位置而已，如果想修改分子中的標記，請使用第二

章介紹的方法。若想取消可以按

取消,如下圖：

3. 修改 TC(R)標記的格式

將滑鼠移到 TCr 標記上，雙擊。顯示下面的對話方塊（就是屬性）

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