ThermoFisher TaqPath User Manual
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit
NOTICE D’UTILISATION
Test RT‑PCR multiplex en temps réel conçu pour la détection
qualitative de l’acide nucléique du SARS‑CoV‑2
Référence catalogue A48067
Numéro de publication MAN0019244
Révision E .0
Pour diagnostic in vitro.
Life Technologies Corporation |
• Ajout de l’évaluation des performances cliniques.
1 mars 2021
15 juillet 2020
2 juin 2020
6055 Sunol Blvd |
Pleasanton, CA 94566 USA
Pour obtenir une description des symboles figurant sur les étiquettes des produits ou sur les documents relatifs aux produits, visitez
thermofisher.com/symbols-definition.
Life Technologies Europe B.V.
Kwartsweg 2, 2665 NN Bleiswijk
The Netherlands
Le client est responsable de la conformité aux exigences réglementaires relatives à ses procédures et à l’utilisation de l’instrument.
Les informations contenues dans ce guide sont susceptibles d’être modifiées sans préavis.
CLAUSE DE NON-RESPONSABILITÉ
: DANS LA MESURE PERMISE PAR LA LOI, THERMO FISHER SCIENTIFIC INC. ET/OU
SA OU SES FILIALE(S) NE SAURAIENT ÊTRE TENUES RESPONSABLES DE DOMMAGES SPÉCIAUX, ACCESSOIRES,
INDIRECTS, PUNITIFS, MULTIPLES OU CONSÉCUTIFS LIÉS AU PRÉSENT DOCUMENT OU A SON USAGE OU EN RÉSULTANT.
Traduit de l’anglais, publication numéro MAN0019215 Rév. G.0.
Historique des révisions: Pub. n° MAN0019215 (
Révision Date Description
G.0
F.0
E.0
D.0
29 mars 2021
anglais)
• Suppression des informations importantes sur les licences couvrant les licences d’étiquette à usage limité.
• Mise à jour des sections Utilisation prévue, Description du produit, Limites du test et Réactivité
(Inclusivité).
• Mise à jour de la section Contenu et conservation pour inclure le logiciel.
• Ajout de nouvelles options pour les plaques RT-PCR.
• Ajout d’Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v1.5 et d’Applied Biosystems™
COVID‑19 Interpretive Software v2.5.
• Suppression d’Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v1.3 et d’Applied
Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v2.3.
• Ajout de recommandations générales pour les laboratoires.
• Mise à jour des fichiers de modèle pour les instruments suivants :
– 7500 Fast Dx Real‑Time PCR Instrument
– 7500 Fast Real‑Time PCR Instrument avec SDS Software v1.5.1
• Mise à jour des instructions d’obtention du COVID‑19 Interpretive Software.
• Ajout d’une étape facultative permettant d’examiner la courbe d’amplification de chaque
échantillon dans le COVID‑19 Interpretive Software.
• Mise à jour de la formulation de l’interprétation des résultats (Tableau 6 en page 62) et spécification que la
valeur de Ct de MS2 peut être >32 si l’une des cibles virales est positive (Tableau 14 en page 71).
• Ajout de Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v1.3 et Applied Biosystems™
COVID‑19 Interpretive Software v2.3.
• Suppression de Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v1.2, Applied Biosystems™
COVID‑19 Interpretive Software v2.1 et Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v2.2.
• Ajout de nouvelles consignes pour le prélèvement, le stockage, le conditionnement et l’expédition
d’échantillons dans “Limites du test” en page 13.
• Ajout d’informations sur les limites de Ct (Annexe A, “Valeurs limites de Ct pour les cibles d’analyse”).
• Mise à jour des instructions pour sceller, vortexer et centrifuger les plaques RT-PCR.
• Ajout d’informations supplémentaires sur l’attribution de noms uniques aux puits de contrôles
négatifs dans les plaques à 384 puits.
• Mise à jour des informations sur la réactivé (inclusivité) (page 66).
• Ajout d’informations supplémentaires sur les expériences de seuil de détection à “Seuil de
détection (SDD)” en page 64.
• Suppression des instructions concernant l’homogénéisation du mélange en pipettant 10 fois par
aspiration-refoulement lors de la préparation des plaques RT-PCR. Ajout d’instructions pour vortexer
les plaques pendant 10 à 20 secondes afin de bien mélanger.
• Ajout d’instructions pour desceller et resceller une seule plaque d’extraction à la fois lors de la
préparation des plaques RT-PCR à 384 puits.
• Mise à jour des instructions concernant la création d’un nom unique pour chaque puits de la
plaque physique et non pas uniquement pour les puits avec un échantillon patient.
• Ajout de l’Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument, bloc à 384 puits.
• Ajout du QuantStudio™ 5 Dx IVD Software pour l’Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Dx
Real‑Time PCR Instrument.
D.0
Révision Date Description
(suite)
2 juin 2020
• Ajout du COVID‑19 Interpretive Software v2.2.
• Mise à jour concernant l’obligation d’effectuer un nouveau test pour les échantillons dont les
résultats ne sont pas concluants.
C.0 1er mai 2020
• Mise à jour des types d’échantillons pour prendre en compte les échantillons prélevés dans les
voies respiratoires supérieures (tels que les écouvillons nasopharyngés, oropharyngés, nasaux et
du cornet nasal moyen, ainsi que les aspirations nasopharyngées) et les échantillons obtenus par
lavage bronchoalvéolaire (LBA) (“Utilisation prévue” en page 7, “Limites du test” en page 13 et
“Méthode” en page 14).
• Procédures ajoutées pour effectuer la RT-PCR avec les instruments suivants : Applied
Biosystems™ 7500 Real‑Time PCR Instrument, Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time
PCR Instruments (bloc à 96 puits, 0,1 ml et bloc à 96 puits à 0,2 ml), Applied Biosystems™
QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR Instrument et QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR Instrument
(bloc à 384 puits).
• Nouvelles versions de logiciel ajoutées : Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v1.2
et Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software v2.1.
• Durée de conservation du TaqPath™ COVID‑19 Control Dilution Buffer changée de 9 à 12 mois.
• Mise à jour des consignes d’extraction de l’ARN (Chapitre 3, “Consignes pour l’ARN extrait de
l’échantillon”).
• Mise à jour des exigences pour les contrôles en raison de l’ajout de plaques RT‑PCR temps réel à
384 puits (“Consignes relatives à la RT-PCR” en page 20).
• Ajout de plaques de réaction sans code‑barres en tant qu’option pour RT‑PCR temps réel
(MicroAmp™ Fast Optical 96-Well Reaction Plate, 0.1 mL, MicroAmp™ Optical 96-Well Reaction
Plate, 0.2 mL et MicroAmp™ Optical 384-Well Reaction Plate).
• Création de procédures distinctes pour préparer les réactions RT‑PCR en fonction du volume du
prélèvement d’échantillons (≤ 200 μl ou > 200 μl) et de la plaque RT‑PCR (96 puits ou 384 puits),
ainsi qu’ajout d’instructions spécifiques pour vortexer et centrifuger la plaque.
• Indication qu’un nouveau test doit être effectué sur l’échantillon d’origine (“Interprétation des
résultats” en page 62).
• Mise à jour des exigences pour les contrôles dans l’interprétation des résultats, en raison de l’ajout
de plaques RT‑PCR temps réel à 384 puits (“Interprétation des résultats” en page 62).
• Ajout de “Substances interférentes” en page 66.
• Suppression des références au COVID‑19 Interpretive Software v1.1.
B.0 27 mars 2020
A.0 24 mars 2020 Nouveau document.
• Correction de la description du phage MS2 de contrôle dans « Description du produit » de contrôle
de l’ADN à contrôle de l’ARN.
• Description détaillée des informations de service et d’assistance technique disponibles à l’adresse
https://www.thermofisher.com/contactus dans « Assistance à la clientèle et support technique
».
• Modification de la durée de conservation du TaqPath™ COVID‑19 Control Dilution Buffer.
Informations importantes sur les licences: Ce produit peut être couvert par une ou plusieurs licences à usage limité. En utilisant ce
produit, vous acceptez les conditions générales de toutes les licences à usage limité.
MARQUES DE COMMERCE: Toutes les marques sont la propriété de Thermo Fisher Scientific et de ses filiales, sauf indication
contraire. Nasacort est une marque de AVENTISUB LLC. Dymista est une marque de Meda Pharmaceuticals Inc. NeilMed et
Nasogel sont des marques de NeilMed Products, Inc. Chloraseptic est une marque de Medtech Products Inc. Bactroban est une
marque de GLAXOSMITHKLINE LLC. Similasan est une marque de Similasan AG Corporation Switzerland. Spectrum Solutions est
une marque de Spectrum Solutions, LLC. Roche est une marque de Hoffmann-LaRoche, Inc. Cobas est une marque de Roche
Diagnostics Operations, Inc. Illumina est une marque d’Illumina, Inc.
©2021 Thermo Fisher Scientific Inc. Tous droits réservés.
Sommaire
■
CHAPITRE 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations
sur le produit ...................................................................................................... 7
Utilisation prévue ..................................................................................................................... 7
Description du produit ............................................................................................................. 8
Contenu et conservation ......................................................................................................... 8
Matériel requis non fourni ........................................................................................................ 9
Compatibilité des instruments et des logiciels ...................................................................... 11
Recommandations générales à l’attention des laboratoires ................................................. 12
Limites du test ....................................................................................................................... 13
Échantillons et contrôles ....................................................................................................... 14
Méthode ................................................................................................................................. 14
■
CHAPITRE 2 Avant de commencer ................................................................. 16
Avertissements et précautions .............................................................................................. 16
Prélèvement, transport et stockage d’échantillons ............................................................... 17
■
CHAPITRE 3 Consignes pour l’ARN extrait de l’échantillon ............................ 18
Volumes de prélèvement d’échantillon ................................................................................. 18
Consignes pour l’extraction d’ARN ....................................................................................... 18
Ajouter le MS2 Phage Control ............................................................................................... 19
■
CHAPITRE 4 Préparer les réactions RT-PCR .................................................. 20
Consignes relatives à la RT-PCR .......................................................................................... 20
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon ≤200 µl,
plaque de réaction à 96 puits) ........................................................................................... 21
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon ≤200 µl,
plaque de réaction à 384 puits) ......................................................................................... 23
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon >200 µl,
plaque de réaction à 96 puits) ........................................................................................... 26
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon >200 µl,
plaque de réaction à 384 puits) ......................................................................................... 28
4
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
■
CHAPITRE 5 Effectuer la RT-PCR à l’aide d’Applied Biosystems™ 7500
Fast Dx Real‑Time PCR Instrument ................................................................. 31
Calibration des fluorophores pour la série 7500 Real‑Time PCR Instrument ........................ 31
Transférer le fichier de modèle (SDT) pour le 7500 Fast Dx Real‑Time PCR Instrument ...... 31
Configurer et utiliser le 7500 Fast Dx Real‑Time PCR Instrument ......................................... 32
■
CHAPITRE 6 Effectuer la RT-PCR à l’aide d’Applied Biosystems™ 7500
Fast Real‑Time PCR Instrument ...................................................................... 34
Calibration des fluorophores pour la série 7500 Real‑Time PCR Instrument ........................ 34
Transférer le fichier de modèle (SDT ou EDT) pour le 7500 Fast Real‑Time
PCR Instrument .................................................................................................................. 35
Configurer et utiliser le 7500 Fast Real‑Time PCR Instrument (SDS Software v1.5.1) .......... 35
Configurer et utiliser le 7500 Fast Real‑Time PCR Instrument (7500 Software v2.3) ............ 37
■
CHAPITRE 7 Effectuer la RT-PCR à l’aide d’Applied Biosystems™ 7500
Real‑Time PCR Instrument .............................................................................. 40
Sommaire
Calibration des fluorophores pour la série 7500 Real‑Time PCR Instrument ........................ 40
Transférer le fichier de modèle (EDT) pour le 7500 Real‑Time PCR Instrument .................... 41
Configurer et utiliser le 7500 Real‑Time PCR Instrument ...................................................... 41
■
CHAPITRE 8 Effectuer la RT-PCR à l’aide d’Applied Biosystems™
QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument ................................................... 44
Calibration des fluorophores pour QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument .................. 44
Transférer le fichier de modèle (EDT) pour le QuantStudio™ 5 Real‑Time
PCR Instrument .................................................................................................................. 45
Configurer et utiliser le QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument .................................... 45
Configurer et utiliser le QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument .................................... 47
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
5
Sommaire
■
CHAPITRE 9 Effectuer la RT-PCR à l’aide d’Applied Biosystems™
■
CHAPITRE 10 Effectuer la RT‑PCR à l’aide de l’Applied Biosystems™
QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR Instrument .............................................. 50
Calibration des fluorophores pour QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR Instrument ............ 50
QuantStudio™ 5 Dx TD Software ........................................................................................... 51
Transférer le fichier de modèle (EDT) pour le QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time
PCR Instrument (QuantStudio™ 5 Dx TD Software ) .................................................. 51
Configurer et utiliser le QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR Instrument
(QuantStudio™ 5 Dx TD Software ) ............................................................................ 51
QuantStudio™ 5 Dx IVD Software .......................................................................................... 54
Transférer le fichier de modèle (EDT) pour le QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time
PCR Instrument (QuantStudio™ 5 Dx IVD Software )................................................. 54
Installer un fichier de modèle dans le QuantStudio™ 5 Dx IVD Software ..................... 54
Configurer et utiliser le QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR Instrument
(QuantStudio™ 5 Dx IVD Software ) ........................................................................... 55
QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR Instrument (bloc à 384 puits) ............... 56
Calibration des fluorophores pour QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR Instrument .......... 56
Transférer le fichier de modèle (EDT) pour l’QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR
Instrument (bloc à 384 puits) ............................................................................................. 57
Configurer et utiliser le QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR Instrument (bloc
à 384 puits) ........................................................................................................................ 57
■
CHAPITRE 11 Analyse et résultats .................................................................. 60
Obtenir l’Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software .......................................... 60
Analyser les données............................................................................................................. 60
Interprétation des résultats .................................................................................................... 62
■
CHAPITRE 12 Caractéristiques de performance ............................................. 64
Seuil de détection (SDD) ....................................................................................................... 64
Réactivité (Inclusivité) ............................................................................................................ 66
Substances interférentes ....................................................................................................... 66
Réactivité croisée .................................................................................................................. 68
Évaluation clinique ................................................................................................................. 69
Évaluation des performances cliniques ................................................................................. 70
■
ANNEXE A Valeurs limites de Ct pour les cibles d’analyse ............................. 72
■
ANNEXE B Documentation et support ............................................................ 73
Documentation connexe ....................................................................................................... 73
Assistance client et technique ............................................................................................... 73
Garantie limitée du produit .................................................................................................... 74
6
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
1
Utilisation prévue
Le TaqPath™ COVID 19 CE IVD RT PCR Kit contient les réactifs et les témoins pour un test de
réaction en chaîne par polymérase en temps réel après transcription inverse (RT PCR) destiné à la
détection qualitative d’acide nucléique du SARS CoV 2 dans des échantillons prélevés dans les voies
respiratoires supérieures (à l’aide d’écouvillons nasopharyngés, oropharyngés, nasaux et du cornet
nasal moyen, ainsi que par aspiration nasopharyngée), dans des échantillons obtenus par lavage
bronchoalvéolaire (LBA) et dans des échantillons de salive chez des personnes suspectées de
COVID 19. Pour usage diagnostique in vitro.
Les résultats sont destinés à l’identification de l’ARN du SARS-CoV-2. L’édition CE-IVD du logiciel
Applied Biosystems™ COVID-19 Interpretive Software doit être utilisée pour l’interprétation des
résultats générés par le test. L’ARN du SARS-CoV-2 est généralement détectable dans les échantillons
prélevés dans les voies respiratoires supérieures, les échantillons obtenus par lavage
bronchoalvéolaire (LBA) et les échantillons de salive pendant la phase aiguë de l’infection. Les résultats
positifs indiquent la présence d’ARN de SARS-CoV-2 ; une corrélation clinique avec les antécédents du
patient et les autres informations diagnostiques est nécessaire pour déterminer l’état d’infection du
patient. Les résultats positifs n’excluent pas l’infection bactérienne ou la co-infection par d’autres virus.
L’agent détecté peut ne pas être la cause véritable de la maladie. Les laboratoires peuvent être tenus
de signaler tous les résultats positifs aux autorités sanitaires compétentes.
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD
RT‑PCR Kit - Informations sur le
produit
Les résultats négatifs n’excluent pas l’infection à SARS-CoV-2 et ne doivent pas être utilisés comme
seule base pour les décisions de prise en charge des patients. Les résultats négatifs doivent être
combinés aux observations cliniques, aux antécédents du patient et aux informations épidémiologiques.
Les tests avec le TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit sont destinés à être utilisés par du personnel
de laboratoire clinique qualifié et formé spécifiquement aux techniques de PCR en temps réel et aux
procédures de diagnostic in vitro.
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
7
1
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le produit
Description du produit
Description du produit
Le TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit comprend les composants suivants :
•
TaqPath™ COVID‑19 RT‑PCR Kit, 1 000 réactions
–
TaqPath™ COVID‑19 Assay Multiplex : tests multiplexés contenant trois ensembles
amorce/sondes spécifiques à différentes régions génomiques du SARS-CoV-2 et
amorces/sondes pour le bactériophage MS2.
–
MS2 Phage Control : ARN témoin permettant de vérifier l’efficacité de la préparation des
échantillons et l’absence d’inhibiteurs dans la réaction PCR. Pour utiliser ce témoin, ajoutez le
MS2 Phage Control aux échantillons avant l’extraction de l’ARN.
•
TaqPath™ COVID‑19 Control : ARN témoin contenant des cibles spécifiques aux régions
génomiques du SARS-CoV-2 ciblées par les tests.
•
TaqPath™ COVID-19 Control Dilution Buffer — Tampon de dilution pour formuler le TaqPath™
COVID-19 Control.
•
TaqPath™ 1-Step Multiplex Master Mix (No ROX™) — Mélange de PCR prêt à l’emploi, y compris la
polymérase, les dNTP et le tampon salin.
•
Notice : fournit les instructions et le lien permettant de télécharger les Instructions d’utilisation et le
logiciel Applied Biosystems™ COVID-19 Interpretive Software.
Contenu et conservation
Tableau 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit, 1 000 réactions (N Cat. A48067)
Composant Contenu Quantité
TaqPath™ COVID‑19
Assay Multiplex
TaqPath™ COVID‑19
RT‑PCR Kit
TaqPath™ COVID‑19 Control 10 tubes
TaqPath™ COVID‑19 Control Dilution Buffer 10 tubes 250 µl 100093291
TaqPath™ 1‑Step Multiplex Master Mix
(No ROX™)
Applied Biosystems™ COVID-19
Interpretive Software CE-IVD Edition v1.5
Applied Biosystems™ COVID-19
Interpretive Software CE-IVD Edition v2.5
(Gene ORF1ab, N
Protein, S Protein, MS2)
MS2 Phage Control 10 tubes 1 ml 100093312
1 tube
1 flacon 10 ml A48111
•
•
Volume par tube
ou flacon
1 500 µl
(1 000 réactions)
10 µl (1 x
104 copies/μl)
« Compatibilité des
instruments et des
logiciels » en page 11
« Obtenir l’Applied
Biosystems™
COVID-19 Interpretive
Software » en page 55
Numéro de
référence de
l’unité
100093311
100093314 ≤ –70 °C 12 mois
100098243
100098246
Stockage
–30 °C à
–10 °C
–30 °C à
–10 °C
–30 °C à
–10 °C
–30 °C à
–10 °C
s/o
[2]
s/o
[2]
Durée de
conser‐
[1]
vation
12 mois
12 mois
12 mois
12 mois
s/o
[2]
s/o
[2]
[1]
La durée de conservation du kit est déterminée par le composant ayant la durée de conservation la plus courte.
[2]
s/o : sans objet
8
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
produit
1
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le
Matériel requis non fourni
Sauf indication contraire, tous les produits sont disponibles sur thermofisher.com. « PFL » indique
que le matériel est disponible sur fisherscientific.com ou auprès d'un autre grand fournisseur de
laboratoire.
Élément Source
Instrument de PCR en temps réel
Matériel requis non fourni
Applied Biosystems™ 7500 Fast Dx Real‑Time PCR Instrument
(Utilisé avec SDS Software v1.4.1)
Applied Biosystems™ 7500 Fast Real‑Time PCR Instrument
(Utilisé avec SDS Software v1.5.1 ou 7500 Software v2.3)
Applied Biosystems™ 7500 Real‑Time PCR Instrument
(Utilisé avec 7500 Software v2.3)
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR
Instrument, bloc de 0,2 ml
(Utilisé avec QuantStudio™ Design and Analysis Desktop
Software v1.5.1)
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR
Instrument, bloc de 0,1 ml
(Utilisé avec QuantStudio™ Design and Analysis Desktop
Software v1.5.1)
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR
Instrument, bloc à 384 puits
(utilisé avec QuantStudio™ Design and Analysis Desktop
Software v1.5.1)
4406984 (Avec ordinateur portable)
4406985 (Avec ordinateur tour)
4351106 (Avec ordinateur portable)
4351107 (Avec ordinateur de bureau)
4351104 (Avec ordinateur portable)
4351105 (Avec ordinateur de bureau)
A28569 (Avec ordinateur portable)
A28574 (Avec ordinateur de bureau)
A28139 (Instrument seulement)
A28568 (Avec ordinateur portable)
A28573 (Avec ordinateur de bureau)
A28138 (Instrument seulement)
A28570 (Avec ordinateur portable)
A28575 (Avec ordinateur de bureau)
A28140 (Instrument seulement)
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR
Instrument
(Utilisé avec QuantStudio™ 5 Dx TD Software v1.0.2
ou
QuantStudio™ 5 Dx IVD Software v1.0.2)
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR
Instrument, bloc à 384 puits
(utilisé avec QuantStudio™ Real‑Time PCR Software v1.3)
Équipement
Congélateurs de laboratoire
•
–30°C à –10°C
•
≤ –70°C
Centrifugeuse, avec rotor pour microplaques PFL
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
A32005 (Avec ordinateur portable)
A32006 (Avec ordinateur tour)
4485695 (Avec ordinateur portable)
4485701 (Avec ordinateur de bureau)
PFL
9
1
(suite)
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le produit
Matériel requis non fourni
Élément Source
Centrifugeuse de paillasse
Agitateur de laboratoire, vortex ou équivalent
Micropipettes monocanales et multicanaux réglables (de 1,00 µl à 1 000,0 µl)
Bloc froid (96 puits ou 384 puits) ou glace
Kits et réactifs
Nuclease-free Water (not DEPC-Treated)
Plaques de calibration (série 7500 Real‑Time PCR Instrument)
ABY™ Dye Spectral Calibration Plate for Multiplex qPCR, Fast 96-well (0,1 ml)
JUN™ Dye Spectral Calibration Plate for Multiplex qPCR, Fast 96-well (0,1 ml)
ABY™ Dye Spectral Calibration Plate for Multiplex qPCR, 96‑well (0,2 ml)
JUN™ Dye Spectral Calibration Plate for Multiplex qPCR, 96- well (0,2 ml)
Plaques de calibration (QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR Instrument)
ABY™ Dye Spectral Calibration Plate for Multiplex qPCR, 384‑well
JUN™ Dye Spectral Calibration Plate for Multiplex qPCR, 384- well
PFL
PFL
PFL
PFL
PFL
A24734
A24735
A24738
A24737
A24736
A24733
Tubes, plaques et autres consommables
MicroAmp™ Fast Optical 96‑Well Reaction Plate with Barcode, 0.1 mL
MicroAmp™ Fast Optical 96-Well Reaction Plate, 0.1 mL
MicroAmp™ Optical 96‑Well Reaction Plate with Barcode, 0.2 mL
MicroAmp™ EnduraPlate™ Optical 96-Well Fast Clear Reaction Plates with Barcode
MicroAmp™ EnduraPlate™ Optical 96-Well Fast Clear Reaction Plates
MicroAmp™ Optical 96-Well Reaction Plate, 0.2 mL
MicroAmp™ EnduraPlate™ Optical 96-Well Clear Reaction Plates with Barcode
MicroAmp™ EnduraPlate™ Optical 96-Well Clear Reaction Plates
MicroAmp™ Optical 384-Well Reaction Plate with Barcode
MicroAmp™ Optical 384-Well Reaction Plate
MicroAmp™ EnduraPlate™ Optical 384-Well Clear Reaction Plates with Barcode
MicroAmp™ EnduraPlate™ Optical 384-Well Clear Reaction Plates
MicroAmp™ Optical Adhesive Film
4346906, 4366932
4346907
4306737, 4326659
4483485, 4483494
A36930
N8010560, 4316813
4483354, 4483352
A36924
4309849, 4326270, 4343814
4343370
4483285, 4483273
A36931
4311971, 4360954
MicroAmp™ Adhesive Film Applicator
10
4333183
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
produit
1
(suite)
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le
Compatibilité des instruments et des logiciels
Élément Source
Tubes antiadhésifs sans RNase pour centrifugeuse de paillasse
(1,5 ml et 2,0 ml)
Pointes de pipettes barrières aux aérosols (filtrées) stériles thermofisher.com/pipettetips
thermofisher.com/plastics
Compatibilité des instruments et des logiciels
Le tableau suivant répertorie la version d’Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software
compatible avec votre instrument et son logiciel d’analyse associé.
Pour savoir comment obtenir l’Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software, voir “Obtenir
l’Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive Software” en page 60.
Pour vous procurer le logiciel d’analyse ou le firmware à utiliser avec votre instrument de PCR en
temps réel, rendez‑vous sur thermofisher.com/qpcrsoftware, puis sélectionnez votre instrument dans
la section Real‑Time PCR (PCR temps réel).
Instrument
Logiciel d’analyse utilisé avec
l’instrument
Version COVID‑19 Interpretive
Software compatible
7500 Fast Dx Real‑Time PCR Instrument SDS Software v1.4.1 v1.5
7500 Fast Real‑Time PCR Instrument
7500 Real‑Time PCR Instrument 7500 Software v2.3 v1.5
QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument
avec firmware v1.3.3 de l’instrument
Bloc à 96 puits, 0,2 ml
Bloc à 96 puits, 0,1 ml
QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument
avec firmware v1.3.3 de l’instrument
Bloc à 384 puits
QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR
Instrument avec firmware v1.0.3 de
l’instrument
SDS Software v1.5.1
ou
7500 Software v2.3
QuantStudio™ Design and
Analysis Desktop Software v1.5.1
QuantStudio™ Design and
Analysis Desktop Software v1.5.1
QuantStudio™ 5 Dx TD Software
v1.0.2
v1.5
v2.5
v2.5
v2.5
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
11
1
(suite)
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le produit
Recommandations générales à l’attention des laboratoires
Instrument
QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR
Instrument avec firmware v1.0.3 de
l’instrument
QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR
Instrument avec firmware v1.0.4 de
l’instrument
Bloc à 384 puits
Logiciel d’analyse utilisé avec
l’instrument
QuantStudio™ 5 Dx IVD Software
v1.0.2
QuantStudio™ Real‑Time PCR
Software v1.3
Version COVID‑19 Interpretive
Software compatible
v2.5
v2.5
Recommandations générales à l’attention des laboratoires
•
Mettez en œuvre des procédures opérationnelles standard dans votre laboratoire pour prévenir
toute contamination, par exemple :
–
Changement fréquent des gants
–
Décontamination fréquente des surfaces, des équipements et des pipettes avec une solution à
10 % d’eau de javel ou une solution de décontamination, suivie d’une solution d’éthanol à 70 %
–
Utilisation de lumière ultraviolette lors de la décontamination du poste de sécurité
microbiologique (le cas échéant)
•
Pour éviter toute dégradation, conservez les échantillons d’ARN élués, les master mix, les tests et
les contrôles sur de la glace ou dans des blocs de refroidissement pendant leur utilisation.
•
Limitez les cycles de congélation-décongélation.
•
Réactifs aliquotes pour prévenir la contamination des stocks et réduire le nombre de cycles de
congélation-décongélation.
•
Après chaque expérience, examinez les courbes d’amplification dans le logiciel d’interprétation
pour détecter des signes de vortexage ou de centrifugation inadéquat. Contactez votre équipe
d’assistance aux applications pour plus d’informations ou pour suivre une formation sur le CQ des
données dans le logiciel de l’instrument.
12
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
produit
1
Limites du test
•
Ce test est destiné à être utilisé à des fins de diagnostic in vitro uniquement. Suivez les bonnes
pratiques de laboratoire et toutes les précautions et directives de ces guides d’utilisation pour
éviter toute contamination croisée entre les échantillons.
•
La performance du TaqPath™ COVID-19 CE-IVD RT-PCR Kit sur les échantillons prélevés dans les
voies respiratoires supérieures a été établie en utilisant uniquement des échantillons d’écouvillon
nasopharyngé et oropharyngé, d’aspiration nasopharyngée et de lavage bronchoalvéolaire. Les
écouvillons nasaux et du cornet nasal moyen sont considérés comme des types d’échantillons
acceptables selon le document Interim Guidelines for Collecting, Handling, and Testing Clinical
Specimens from Persons for Coronavirus Disease 2019 (COVID‑19) publié par les Centers for Disease
Control and Prevention, mais les performances du TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit avec ces
types d’échantillons n’ont pas été établies. L’analyse des écouvillons nasaux et du cornet nasal
moyen (prélevés sous la supervision d’un prestataire de soins par le patient lui‑même ou directement
par un prestataire de soins) est limitée aux patients présentant des symptômes du COVID‑19.
•
Les performances du TaqPath™ COVID-19 CE-IVD RT-PCR Kit et du MagMAX™ Viral/Pathogen II
Nucleic Acid Isolation Kit ont été établies sur des échantillons de salive prélevés à l’aide des
dispositifs de prélèvement de salive pour le diagnostic moléculaire Spectrum Solutions™ SDNA
Molecular Diagnostic Saliva Collection Devices.
•
La salive doit être prélevée par salivation passive sans toux ni raclement de la gorge. Certains
médicaments, états physiologiques ou pathologies peuvent réduire ou augmenter l’écoulement
salivaire. La présence du virus dans la salive peut résulter à la fois de l’excrétion virale des
glandes salivaires et des voies respiratoires supérieures et inférieures. Une mauvaise
méthodologie de production de la salive peut entraver la capacité du test à détecter les
séquences cibles. Bien que l’autoprélèvement de salive puisse être acceptable, le prélèvement
d’échantillons sans supervision peut donner lieu à un échantillon de mauvaise qualité et empêcher
la certification de l’identité du patient.
•
Les échantillons doivent être prélevés, transportés et stockés conformément aux procédures et
conditions appropriées. Un prélèvement, un transport ou un stockage incorrect des échantillons
peut entraver la capacité du test à détecter les séquences cibles.
•
Ce kit utilise de l’ARN purifié comme échantillon pour l’analyse. La qualité de l’ARN récupéré à
partir d’échantillons biologiques est essentielle pour la qualité des résultats générés avec ce kit.
•
Les résultats faux négatifs peuvent provenir de :
–
Prélèvement d’échantillon incorrect
–
Dégradation de l’ARN viral pendant le transport/stockage
–
Prélèvement de l'échantillon après que l'acide nucléique ne soit plus détectable dans la
matrice échantillon
–
Utilisation d’une mauvaise méthode d’extraction
–
Présence d’inhibiteurs de la RT-PCR
–
Mutation du virus SARS-CoV-2
–
Non-respect de la notice d’utilisation
–
Absence d’échantillon
•
Les résultats faux positifs peuvent provenir de :
–
Contamination croisée pendant la manipulation ou la préparation des échantillons
–
Contamination croisée entre les échantillons de patient
–
Mélange d’échantillons
–
Contamination de l’ARN pendant la manipulation du produit
–
Artefact de la fluorescence dans les premiers cycles d’amplification provoqué par un mélange
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le
Limites du test
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
13
1
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le produit
inapproprié ou la présence de bulles dans le mélange réactionnel
14
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
produit
1
Échantillons et contrôles
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le
•
Les impacts des vaccins, des produits thérapeutiques antiviraux, des antibiotiques, des médicaments
chimiothérapeutiques ou immunosuppresseurs n’ont pas été évalués. Le TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD
RT‑PCR Kit ne peut exclure les maladies causées par d’autres pathogènes bactériens ou viraux.
•
Les résultats négatifs n’empêchent pas l’infection par le virus SARS-CoV-2 et ne doivent pas
constituer la seule base d’une décision de prise en charge des patients.
•
Les laboratoires peuvent être tenus de signaler tous les résultats positifs aux autorités sanitaires
compétentes.
•
L’utilisation de la salive peut être autorisée dans des conditions spécifiques définies par les autorités
sanitaires compétentes (par ex., avec prélèvement sous supervision uniquement / auto-prélèvement,
pour des tests itératifs, en deuxième intention, sous réserve de confirmation de test en cas de salive
positive) et peut être soumise à des restrictions aux points d’entrée frontaliers dans certains pays
(voyageurs). Suivez toujours les réglementations en vigueur de la juridiction concernée.
Échantillons et contrôles
Les échantillons de patients doivent être prélevés conformément aux directives de laboratoire appropriées.
Des témoins de test positifs et négatifs doivent être inclus pour interpréter avec précision les résultats de
test patient.
Inclure les témoins suivants :
Témoin positif (TaqPath™
COVID‑19 Control Kit)
MS2 Phage Control
Témoin négatif
Méthode
La méthode commence avec l’acide nucléique purifié à partir d’échantillons obtenus dans les voies
respiratoires supérieures (à l’aide d’écouvillons nasopharyngés, oropharyngés, nasaux, du cornet nasal
moyen et par aspiration nasopharyngée) et par lavage bronchoalvéolaire (LBA).
L’acide nucléique purifié est rétrotranscrit en ADNc et amplifié à l’aide du TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD
RT‑PCR Kit et de l’un des instruments PCR en temps réel suivants :
•
Applied Biosystems™ 7500 Fast Dx Real‑Time PCR instrument
•
Applied Biosystems™ 7500 Fast Real‑Time PCR Instrument
•
Applied Biosystems™ 7500 Real‑Time PCR Instrument
•
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument, bloc à 96 puits, 0,2 ml
•
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument, bloc à 96 puits, 0,1 ml
•
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Real‑Time PCR Instrument, bloc à 384 puits
•
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 5 Dx Real‑Time PCR Instrument
•
Applied Biosystems™ QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR Instrument, bloc à 384 puits
Témoin Permet de surveiller Tests
Configuration de la réaction RT-PCR et
intégrité du réactif
Extraction d’ARN et absence d’inhibiteurs
dans la réaction qPCR
Contamination croisée lors de l’extraction de
l’ARN et de la configuration de la réaction
Les trois tests SARS- CoV-2
Test MS2
Les trois tests SARS- CoV-2
Test MS2
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
15
1
Chapitre 1 TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit - Informations sur le produit
Méthode
Au cours du processus, les sondes s’hybrident à trois (3) séquences cibles spécifiques au SARSCoV-2. Chaque cible se situe entre des amorces sens et antisens uniques pour les gènes suivants :
•
ORF1ab
•
Protéine N.
•
Protéine S.
Au cours de la phase d’élongation du cycle PCR, l’activité nucléase 5’ de la Taq polymérase dégrade la
sonde. Cette dégradation entraîne la séparation du reporter et de l’extincteur, générant ainsi un signal
fluorescent. À chaque cycle, des molécules supplémentaires du reporter sont libérées de leurs sondes,
ce qui augmente l’intensité de la fluorescence. L’intensité de la fluorescence est surveillée à chaque
cycle PCR par l’instrument PCR en temps réel.
Les données sont analysées, puis interprétées par l’Applied Biosystems™ COVID‑19 Interpretive
Software.
La méthode dédiée au test de la salive est détaillée dans le document TaqPath™ COVID-19 CE-IVD
RT-PCR Kit avec salive Notice d’utilisation (Pub. n° MAN0024936).
16
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
2
Avertissements et précautions
La méthode du TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit doit être exécutée par du personnel qualifié et
formé afin d’éviter tout risque de résultats erronés. Utilisez des zones distinctes pour la préparation des
échantillons patients et des témoins afin d’éviter les résultats faussement positifs. Les échantillons
et les réactifs doivent être manipulés sous une hotte à flux laminaire ou un poste de sécurité
microbiologique.
•
Les échantillons doivent toujours être traités comme des échantillons infectieux et/ou présentant
un risque biologique conformément aux bonnes pratiques de laboratoire.
•
Respectez les précautions nécessaires lors de la manipulation des échantillons. Utilisez un
équipement de protection individuelle (EPI) conforme aux directives en vigueur relatives à la
manipulation des échantillons potentiellement infectieux.
•
Utilisez toujours des pointes de pipettes avec des barrières aux aérosols. Les pointes utilisées
doivent être stériles et exemptes de DNases et de RNases.
•
Ne mangez pas, ne buvez pas, ne fumez pas et n’appliquez pas de produits cosmétiques dans les
zones de travail.
•
Les modifications apportées aux réactifs des tests, au protocole des tests ou aux instruments ne
sont pas autorisées et enfreignent la directive 98/79/CE relative au diagnostic in vitro.
•
N’utilisez pas le kit après la date de péremption.
•
Gérez les déchets conformément aux réglementations locales.
•
Des fiches de données de sécurité sont disponibles sur demande.
•
Les laboratoires peuvent être tenus de signaler tous les résultats positifs aux autorités sanitaires
compétentes.
Les pays suivants nécessitent le marquage CE « Diagnostics In Vitro » : Allemagne, Autriche,
Belgique, Bulgarie, Chypre, Croatie, Danemark, Espagne, Estonie, Finlande, France, Grèce,
Hongrie, Irlande, Italie, Lettonie, Lituanie, Luxembourg, Malte, Pays-Bas, Pologne, Portugal,
Roumanie, Slovaquie, Slovénie, Suède, Royaume-Uni, Norvège, Islande, Liechtenstein, Suisse,
Turquie.
•
Les résultats positifs indiquent la présence d’ARN de SARS‑CoV‑2.
•
Manipulez tous les échantillons et témoins comme s’ils pouvaient transmettre des agents
infectieux.
•
Les réactifs doivent être stockés et manipulés conformément aux instructions de la section
Tableau 1.
•
La qualité de la préparation de l’échantillon (ARN purifié) peut influencer la qualité du test qPCR.
Les laboratoires doivent utiliser uniquement la méthode de purification qu’ils ont sélectionnée.
Les laboratoires qui n’ont pas encore sélectionné de méthode peuvent utiliser le MagMAX™
Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit ou le MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit.
Avant de commencer
16
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
Chapitre 2 Avant de commencer
2
Prélèvement, transport et stockage d’échantillons
•
Le kit qPCR inclut un phage à ARN témoin permettant de vérifier l’efficacité de la préparation
des échantillons et l’absence d’inhibiteurs dans la réaction PCR. Pour utiliser ce témoin,
ajoutez un MS2 Phage Control aux échantillons avant l’extraction de l’ARN, conformément aux
recommandations du Chapitre 3, “Consignes pour l’ARN extrait de l’échantillon”.
Prélèvement, transport et stockage d’échantillons
Remarque : Manipulez tous les échantillons et témoins comme s’ils pouvaient transmettre des agents
infectieux.
•
Pour des consignes sur le prélèvement et le stockage des échantillons, reportez-vous au
document Interim Guidelines for Collecting, Handling, and Testing Clinical Specimens from
Persons for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), publié par les Centers for Disease Control
and Prevention.
•
Il convient de conditionner, d’expédier et de transporter les échantillons conformément à
l’édition actuelle de la Règlementation sur les marchandises dangereuses de l’Association
internationale du transport aérien (IATA - International Air Transport Association)
(iata.org/en/ programs/cargo/dgr).
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
17
Consignes pour l’ARN extrait de
3
Volumes de prélèvement d’échantillon
Pour répondre à la nécessité de disposer d’un large éventail de volumes de prélèvement d’échantillon,
deux protocoles de RT‑PCR sont fournis, en fonction du volume de prélèvement d’échantillon.
Les volumes de prélèvement d’échantillon suivants ont été testés :
•
Prélèvement faible : 200 µl
•
Prélèvement élevé : 400 µl
Les volumes de prélèvement d’échantillon > 400 µL n’ont pas été testés avec le TaqPath™ COVID‑19
CE‑IVD RT‑PCR Kit.
Les kits d’extraction d’ARN suivants ont été testés :
•
MagMAX™ Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit
•
MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit
l’échantillon
Consignes pour l’extraction d’ARN
L’ARN extrait peut être préparé avec n’importe quelle procédure standard d’extraction d’ARN ou avec
un kit d’extraction d’ARN. Le volume minimal d’élution recommandé est de 50 µl.
Les consignes suivantes permettent d’optimiser les résultats lors de l’utilisation du TaqPath™ COVID‑19
CE‑IVD RT‑PCR Kit.
•
Le MS2 Phage Control fourni dans le kit doit être utilisé pour vérifier l’efficacité de la préparation
des échantillons et l’absence d’inhibiteurs dans la réaction RT‑PCR. Il est ajouté à l’échantillon
avant l’extraction (voir “Ajouter le MS2 Phage Control” en page 19).
•
Utilisez de l’Nuclease-free Water (not DEPC-Treated) contenant le MS2 Phage Control comme
témoin négatif. Le témoin négatif purifié est utilisé comme témoin négatif pour la RT‑PCR.
•
Nous recommandons l’utilisation d’un volume de MS2 Phage Control représentant 2,5 % du
volume de prélèvement d’échantillon.
18
TaqPath™ COVID-19 CE-IVD RT-PCR Kit Notice d’utilisation
3
Ajouter le MS2 Phage Control
Le MS2 Phage Control doit être utilisé pour vérifier l’efficacité de la préparation de l’échantillon et
l’absence d’inhibiteurs dans la réaction RT‑PCR.
Ajoutez le volume approprié de MS2 Phage Control dans chaque puits d’échantillon et dans le puits du
témoin négatif immédiatement avant la lyse lors de l’extraction de l’ARN.
Nous recommandons l’utilisation d’un volume de MS2 Phage Control représentant 2,5 % du volume de
prélèvement d’échantillon. Des exemples sont présentés dans le tableau ci‑dessous :
Volume de prélèvement d’échantillon Volume MS2 Phage Control
200 µl 5 µl MS2 Phage Control
400 µl 10 µl MS2 Phage Control
Chapitre 3 Consignes pour l’ARN extrait de l’échantillon
Ajouter le MS2 Phage Control
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
19
Préparer les réactions RT-PCR
4
■
Consignes relatives à la RT-PCR ...................................................................................................... 20
■
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon ≤200 µl, plaque de
réaction à 96 puits)............................................................................................................................ 21
■
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon ≤200 µl, plaque de
réaction à 384 puits) ......................................................................................................................... 23
■
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon >200 µl, plaque de
réaction à 96 puits)............................................................................................................................ 26
■
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon >200 µl, plaque de
réaction à 384 puits) ......................................................................................................................... 28
Remarque : La procédure utilisée pour préparer les réactions RT‑PCR dépend du volume de
prélèvement de l’échantillon d’origine utilisé lors de la préparation de l’ARN (≤ 200 µl ou > 200 µl). La
procédure utilisée pour préparer les réactions RT‑PCR dépend également de l’utilisation d’une plaque
de 96 puits ou d’une plaque de 384 puits pour la RT‑PCR.
Consignes relatives à la RT-PCR
IMPORTANT !
Pour chaque plaque de réaction RT‑PCR, prévoyez les contrôles suivants :
·
Un contrôle positif.
·
Un contrôle négatif à partir de chaque extraction.
·
Par exemple, si des échantillons d’ARN provenant de quatre extractions sont associés sur une
plaque de réaction RT‑PCR à 384 puits, quatre puits de contrôles négatifs doivent être exécutés
sur cette plaque de réaction RT‑PCR à 384 puits.
Préparez la plaque de réaction RT-PCR sur de la glace et conservez-la sur de la glace jusqu’à ce
·
qu’elle soit chargée dans l’instrument PCR temps réel.
Testez la plaque immédiatement après la préparation. Le non-respect de cette consigne peut
·
entraîner la dégradation des échantillons d’ARN.
Pour éviter toute contamination, préparez les réactifs dans un poste de travail PCR ou dans une
·
zone sans amplicon équivalente. N’utilisez pas la même pipette pour les contrôles et les échantillons
d’ARN et utilisez toujours des pointes de pipettes avec barrière aux aérosols.
Maintenez un environnement exempt de RNase.
·
Protégez les tests de la lumière.
·
Conservez les échantillons d’ARN et les composants sur la glace pendant l’utilisation.
·
20
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
Chapitre 4 Préparer les réactions RT-PCR
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement d’échantillon ≤200 µl, plaque de réaction à 96 puits)
Préparez les réactions RT‑PCR (volume de prélèvement
d’échantillon ≤200 µl, plaque de réaction à 96 puits)
Utilisez cette procédure dans les conditions suivantes :
•
Un volume de prélèvement d’échantillon d’origine pouvant aller jusqu’à 200 µl a été utilisé pour
l’extraction
•
L’instrument est compatible avec les plaques de réaction RT-PCR à 96 puits
1.
S’ils sont congelés, décongelez les réactifs sur de la glace.
2.
Vortexez doucement les réactifs, puis centrifugez‑les brièvement pour que le liquide soit au fond
du tube.
3.
Diluez du TaqPath™ COVID‑19 Control (1 x 104 copies/µl) pour préparer une solution de travail de
25 copies/µl :
a.
Pipettez 98 µl de TaqPath™ COVID‑19 Control Dilution Buffer dans un tube de centrifugeuse
de paillasse, puis ajoutez 2 µl de TaqPath™ COVID‑19 Control. Mélangez bien, puis centrifugez
brièvement.
b.
Pipettez 87,5 µl de TaqPath™ COVID‑19 Control Dilution Buffer dans un deuxième tube de
centrifugeuse de paillasse, puis ajoutez 12,5 µl de la dilution créée dans la sous-étape 3a.
Mélangez bien, puis centrifugez brièvement.
Remarque : Le TaqPath™ COVID‑19 Control ne contient pas la matrice MS2.
4.
Préparez le mélange réactionnel.
a.
Pour chaque test, associez les composants suivants, en quantité suffisante pour le nombre
d’échantillons d’ARN à tester, plus un contrôle positif et un contrôle négatif.
Tous les volumes incluent un excédent de 10 % pour les erreurs de pipetage.
4
IMPORTANT !
Les volumes dans ce tableau supposent que vous avez extrait l’échantillon d’ARN
à l’aide d’un volume de prélèvement d’échantillon d’origine pouvant aller jusqu’à 200 µl.
Composant
TaqPath™ 1‑Step Multiplex
Master Mix (No ROX™) (4X)
COVID-19 Real Time PCR
Assay Multiplex
Nuclease-free Water 7,50 µl 8,25 x (n + 2) µl 792 µl
Volume total du mélange
réactionnel
TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit Notice d’utilisation
Volume par échantillon
d’ARN ou contrôle
6,25 µl 6,875 x (n + 2) µl 660 µl
1,25 µl 1,375 x (n + 2) µl 132 µl
15,0 µl — 1584 µl
Volume pour
n échantillons d’ARN plus
2 contrôles
94 échantillons d’ARN plus
Volume pour
2 contrôles
21
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